小虎島污水處理廠是南沙區政府為解決小虎島入園企業污水處理而建的配套市政基礎設施，是整個島嶼唯一的排放口。入園企業主要為生物精細化工產業，所有污水通過市政管網排到小虎島污水處理廠后，集中處理達標后統一排放到小虎瀝（珠江），執行廣東省地方標準一級，出水COD在40mg/L以下，水質優于回用水標準，是目前國內石化園區執行標準最高的污水處理廠。